Seine historischen Wurzeln hat das heutige Institut für Silicatforschung ISC Würzburg im 1926 in Berlin gegründeten Kaiser-Wihelm-Institut.
Diese Einrichtung war auf Initiative der Glas- und Keramikindustrie entstanden. Neben der Forschung in den Bereichen Glas und Keramik galt das Institut auch als Kompetenzzentrum für Baustoffe im Talsperren-und Autobahnbau.
Um während des Zweiten Weltkriegs besser geschützt zu sein, siedelte das Institut 1943 in unterfränkische Rhöngemeinden über. Eine Abteilung sowie die Bibliothek blieben ebenso in Berlin wie Institutsreste, die sich mit Forschungen im Bereich der Organosilikate befassten.
Zwei Jahre nach dem Krieg, 1947, gelang es, eine Arbeitserlaubnis sowie Mittel vom bayerischen Staat und der Glas- und Keramikindustrie zu erhalten.
1948 folgte die Neugründung als Max-Planck-Institut für Silicatforschung (MPI). Geeinigt wurde sich auf eine Zusammenführung der in der Rhön verstreuten Abteilungen in der Universitätsstadt Würzburg.
1952 wurde das Institut neu eröffnet.
Sechs Jahre später, 1958, wurde der erste Erweiterungsbau mit einer dem Stand der Technik entsprechenden Schmelzhalle eingeweiht.
1971 wurde das anwendungsorientierte Institut in die Fraunhofer-Gesellschaft eingegliedert. Das Arbeitsgebiet wurde über Silikate hinaus auf den gesamten Bereich der nichtmetallischen anorganischen Werkstoffe ausgeweitet.
Die neue Materialklasse der organisch modifizierten Silikate wurde 1985 entwickelt. Seit 1988 werden sie als Omocere bezeichnet, 2001 wurde dieser Begriff als Marke eingetragen.
Ein Technikumsbau mit Anlagen zur Lacksynthese und zum Spinnen keramischer Fasern entstand 1986.
1989 nahm das Institut eine Zweigstelle in der Friedrichstraße in Betrieb.
1992 wurde der Lehrstuhl für Silicatchemie an der Universität Würzburg eingerichtet.
Die Außenstelle des Fraunhofer ISC in Bronnbach wurde 1995 gegründet. Es ist das "Internationale Zentrum für Kulturgüterschutz und Konservierungsforschung IZKK".
Ein direkt an die Talavera grenzendes Labor- und Bürogebäude entstand 1996.
2005/2006 wurde ein Synthesetechnikum für Vorstufen für die Herstellung hochtemperaturbeständiger Verstärkungsfasern angebaut.
Die an das Würzburger Institut angegliederte Fraunhofer-Projektgruppe für Keramische Verbund-strukturen wurde 2006 in Bayreuth ins Leben gerufen.
Im Juli 2010 wurde der Grundstein für das vom Architekturbüro Zaha Hadid entworfene neue Labor- und Technikumsgebäude gelegt.
Vor dem Hintergrund knapper und teurer werdender Rohstoffe gründete man 2011 die Fraunhofer-Projektgruppe für Wertstoffkreisläufe und Ressourcenstrategie IWKS in Alzenau und Hanau.
Im Mai 2013 erfolgte die Eröffnung des Neubaus am Würzburger Neunerplatz.
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